Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist verzweigt und verknüpft mit dem Wandel der Stadt selbst. Im 16. Epoche erlebte Lyon eine Aufschwung des Calvinismus, wobei etliche Händler und gebildete Persönlichkeiten sich dem neuen Bekenntnis zuwandten. Diese frühe Präsenz führte zu einer aktiven reformierten Gemeinschaft, die jedoch auch erhebl